Bei der Herstellung von Harzer Käse wird zunächst aus entrahmter Milch ein Sauermilchquark hergestellt. Dazu werden Milchsäurebakterien zur Milch hinzugegeben und beides erhitzt. In diesem Prozess dickt das Milcheiweiß aus und die sogenannte Dickete entsteht, ganz genau wie bei der klassischen Käseherstellung. Die hierdurch entstehende, festere Masse wird zerschnitten, sodass die restliche flüssige Molke abfließen kann. Die Quarkmasse wird anschließend in Tüchern oder einer Presse ausgepresst, wobei die feste Quarkmasse entsteht.
Die enthaltene Feuchtigkeit entscheidet über die Weichheit des Sauermilchkäses - je mehr Feuchtigkeit, desto weicher. Der Quark wird überwiegend in der Molkerei hergestellt und dann an die Käserei weitergeliefert, in der letztendlich der Käse produziert wird. Dazu wird der Quark gemahlen und mit Salzen und bereits gereiftem Harzer Käse vermischt. Die Masse reift dann 24 Stunden bei 30 Grad Celsius. In einem nächsten Arbeitsschritt werden die kleinen Laibe mit Rotschmierekulturen besprüht und reifen erneut einen bis drei Tage, jedoch bei etwas kühleren Temperaturen.