Laktosefreier Käse wird im Prinzip wie klassischer Käse hergestellt, wenn dank Reifung die Zucker aufgespalten werden. Bei anderen Verfahren wird entweder bereits speziell behandelte Milch oder Sauermilch verwendet. Sie wird mit Lab versetzt und erhitzt, sodass sie ausdickt und die Gallerte entsteht. Diese wird mit einer Käseharfe zerschnitten, wobei die Größe des Käsebruchs über die spätere Konsistenz des laktosefreien Käses bestimmt.
Bei weichen Sorten wird er gröber zerschnitten als bei festen Sorten, da so der Gehalt der Flüssigkeit geregelt werden kann. Die Käsemasse wird von der flüssigen Molke getrennt und in Formen gefüllt. Diese werden je nach Käsesorte gepresst, und dann in einen speziellen Raum gebracht, in dem die Laibe reifen. Die Reifezeit variiert je nach Sorte des Käses. Je länger klassische Käselaibe reifen, desto mehr des Milchzuckers wird während des Prozesses abgebaut.