Zur Herstellung von Schafskäse wird zunächst in der Schafskäserei die Milch erhitzt und mit Lab versetzt. Der Käse kann dabei aus Rohmilch oder aus pasteurisierter Milch produziert werden. Während des Prozesses dickt das Milcheiweiß aus und der sogenannte Käsebruch entsteht. Dieser wird zerteilt, und dann von der Flüssigkeit, der Molke, getrennt. Aus der festen Käsemasse wird dann der eigentliche Käse hergestellt. Die Molke kann wiederum in der Schafskäserei zu Pecorino oder andere Käsesorten weiterverarbeitet werden.
Je nach Art wird der Käse dann geformt, gepresst und reift anschließend größtenteils direkt in der Form. Bei Sorten, die Edelschimmel enthalten, wird dieser in die Käsemasse gefügt oder auf den Laib gesprüht. Auch beliebt ist die Hinzumischung unterschiedlicher Milcharten etwa die der Schafe, um für mehr Aroma und Würze zu sorgen. Besonders beliebt ist die Mischung aus Schafs- und Ziegenmilch.